Академическая автономность университетов в настоящее время представляет собой сформировавшийся современный образ синергии преподавателей, исследователей и производственников-бизнесменов. В рамках подобной самостоятельности федеральные университеты как научно-образовательные центры, обеспечивающие подготовку инженерных кадров с учетом инновационно-технического развития региона и с сохранением ценностей классического подхода прошлого, получили право разрабатывать и реализовывать свои образовательные стандарты. В статье рассмотрена образовательная программа уровня магистратуры «Биотехнические системы и технологии», разработанная на основе самостоятельно установленного образовательного стандарта Уральского федерального университета имени первого Президента России Б.Н. Ельцина. Представлена структурно-функциональная модель образовательного модуля «Радиационные технологии в медицине», в котором проектирование результатов обучения выполнено в соответствии с таксономией Блума. Приведено описание подхода к пошаговому формированию компетенций от дисциплины до модуля, позволяющего не только повысить качество подготовки выпускников данного направления, но и более полно удовлетворить запросы развивающихся региональных рынков труда на квалифицированных специалистов по востребованным профилям профессионального обучения.