В статье дана оценка влияния масштаба вузов на их вклад в нацпроект «Наука и университеты» и их позиционирование в рамках программы «Приоритет-2030». На основе анализа ряда показателей выявлено, что в рамках действующей системы оценки преимущество имеют вузы меньшего масштаба, что создает риск рассогласованности задач. Предложена комплексная методика оценки, учитывающая как задачи нацпроекта, так и эффективность деятельности вузов.