В статье представлен методический подход к оценке влияния эффектов концентрации на инновационное развитие на региональном уровне. Концентрация факторов инновационного развития в региональных системах порождает эффекты, способные оказать влияние на инновационную активность. Оценка эффектов происходит через систему показателей, отражающих эти факторы. Выделены три группы эффектов концентрации: институциональные, социальнодемографические и экономико-финансовые. В рамках исследования проверяется гипотеза о наибольшем влиянии эффектов концентрации для регионов с более низким уровнем инновационного развития. В качестве зависимой переменной используется показатель инновационной производительности, определяемой как объем инновационных товаров, работ, услуг на 10 тыс. занятых. Количественная оценка влияния эффектов концентрации осуществляется для регионов с различным уровнем инновационного развития на основе квантильной регрессии по 85 субъектам России за период с 2000 по 2021 год. В методике применяется логарифмическая форма производственной функции знаний, позволившая учесть направление влияния эффектов концентрации. По итогам апробации предлагаемой методики получены статистически значимые результаты. Регионы с низким уровнем инновационной активности оказываются более чувствительными к положительному влиянию предпринимательского и отрицательному влиянию финансового и социального эффектов концентрации, а регионы с высоким уровнем инновационного развития -к положительным демографическим эффектам. Осуществлена группировка регионов по уровню инновационного развития. Для каждой группы выявлены эффекты концентрации, оказывающие влияние на инновационную региональную активность. Полученные в исследовании результаты могут быть учтены в рамках обновления и обоснования стратегий социально-экономического развития субъектов Российской Федерации. В дальнейшем предполагается расширить модель и включить цифровой эффект.