В данной статье рассматривается дискретная динамическая система, состоящая из набора управляемых объектов (региона и образующих его муниципалитетов), динамика каждого из которых описывается соответствующим векторным линейным дискретным рекуррентным соотношением при наличии управляемых параметров и возмущений (рисков). В системе выделены два уровня принятия управленческих решений - доминирующий (региональный или первый уровень) и подчиненный (муниципальный, или второй уровень), имеющие различные критерии функционирования и объединенные между собой априори определенными информационными и управленческими связями. Рассматривается задача оптимизации управления экономической безопасностью региона при наличии рисков. Для исследуемой задачи в данной работе предлагается экономико-математическая модель двухуровневого иерархического минимаксного программного управления экономической безопасностью региона при наличии рисков и общая схема ее решения.