Экономика региона состоит из экономических агентов, которые обмениваются транзакциями и объединяются в подсистемы. Отношения между агентами могут быть проиллюстрированы с помощью подходов теории графов. Наиболее подходящим способом для описания способов воздействия и управления над социальными системами выступает схема модельного управления. Целью данной работы является разработка структуры и модели управления локальными экономическими подсистемами. В процессе исследования была сформулирована схема модельного управления экономическими подсистемами на территории муниципального образования и описаны функции ее элементов. Представлен алгоритм управления локальными экономическими подсистемами, который позволяет обрабатывать банковские транзакции, искать замкнутые подсистемы, состоящие из экономических агентов, моделировать изменение ключевого показателя (количество связей между агентами) по трем стратегиям. Описанная схема модельного управления и алгоритм применены на муниципальном образовании с населением 59 тысяч человек. В качестве базы для исследования были взяты банковские транзакции между юридическими лицами за 1 календарный месяц в 4 отделениях банка. В результате были найдены 17 замкнутых подсистем, доказано наличие сетевого эффекта при управлении ключевым показателем (количество связей на одного агента подсистемы).